Secondo un’antica tradizione, la chiesa di Santa Maria sorse dove venne rinvenuta una miracolosa immagine della Madonna detta poi del Pianto, trovata nella demolizione di un muro nella località detta Gotula, borgo che andrà sempre più sviluppandosi sino ad acquistare, nel 1300, il nome di Burgo Gutulae Bagnoni.
Secondo il Da Faie, nel 1392 si iniziò la costruzione della chiesa che venne inaugurata nel 1451. Dove vi era una cappella venne eretto il santuario dedicato a Santa Maria del Pianto. Nel santuario venne istituita fin dal 1600 una Confraternita ad essa intitolata. Quando il Granduca Pietro Leopoldo nel 1785 ordinò la soppressione delle Compagnie locali e la chiusura delle loro chiese, la figura della Madonna venne trasportata nella nuova chiesa prepositurale.
La chiesa di Santa Maria venne rifatta integralmente agli inizi del 1900 dalla famiglia Quartieri. Nel 1928 infatti, il senatore Ferdinando Quartieri restaurò la chiesa, lesionata dal terremoto del 1920 e la trasformò dandole un’intonatura francescana. Il Prof. Conte Properzy fece dipingere la maestosa tela raffigurante San Francesco d’Assisi che si trova sopra l’altare laterale, e ai piedi d’essa, fece costruire il tabernacolo in legno che, dal 1929, ospita una reliquia nella quale è incastonata l’insigne Crocetta di ferro, che secondo una tradizione appartenne a San Francesco.
Oggi la chiesa si presenta tutta in pietra arenaria tagliata e scalpellinata a faccia vista, con struttura interna del tetto a capriate, travicelli ed assiti di legno. L’altare, la balaustra, il fonte battesimale, sono in pietra arenaria lavorata da artigiani.