La chiesa e l’ex convento di San Francesco vennero edificati nel XVI secolo dal marchese Bartolomeo Malaspina fuori dalle mura del borgo, in una località chiamata Marginello. II complesso comprendeva la chiesa, il convento con 18 celle e il chiostro. Restaurata dopo la guerra, all'interno della Chiesa sono custodite due terrecotte di scuola robbiana e pregevoli bassorilievi in marmo da attribuire probabilmente agli Stagi. Si tratta delle pietre tombali che ornavano le cappelle e i sepolcri di due tra le più importanti famiglie di notai villafranchesi: gli Ottaviani e i Clavarini.
Da alcuni decenni ormai il convento ospita il Liceo Scientifico “Leonardo Da Vinci”.