La chiesa di San Nicolò sorgeva alla confluenza del torrente Bagnone con il fiume Magra, lungo il tracciato della Via Francigena e nei pressi di un guado che la collegava con un’altra via che conduceva nel Genovesato. La chiesa rivestiva prevalentemente la funzione di assistenza e di protezione per i pellegrini e i viandanti in questa zona di passaggio.
La prima menzione scritta della chiesa risale al 1285, in un atto di matrimonio per procura tra la Marchesa Manfredina di Giovagallo e Banduccio, figlio del Conte Ugolino della Gherardesca.
La chiesa si trova a ridosso del diroccato castello di Malnido, ma si disconosce se sia antecedente allo stesso. Fu la prima parrocchiale di Villafranca e l’unica fino alla metà del 1500, quando fu istituita la Parrocchia di San Giovanni Battista.
Alla fine del XIX secolo, il passaggio della ferrovia snaturò le sue architetture originali e durante il secondo conflitto bellico venne gravemente danneggiata dai bombardamenti. Il decadimento terminó nel 1968 con l’abbattimento.