Costruita nel 1318 in stile gotico-ligure dai Maestri Antelami, la Chiesa di Santa Margherita d'Antiochia sorse su un edificio anteriore, del quale rimane l’abside con decorazioni ad archetti pensili e lesene. Si trova su una roccia a picco sul mare, sul lato dell'insenatura verso Monterosso. La torre nolare ottagonale, di 40 metri è ornata da archetti e presenta una cupola di forma ogivale. A tre navate, venne ampliata tra il XVI e XVII secolo.
La tradizione vuole che la chiesa venne costruita per il ritrovamento sulle spiagge del paese di una scatoletta di legno con le ossa di un dito della mano di Santa Margherita. Eretta nell’odierno quartiere l’Isolotto, una forte mareggiata la distrusse e la reliquia si perse. Ma poco tempo dopo apparve nello stesso punto in cui venne trovata la prima volta e la chiesa venne costruita dove si trova ora.