La chiesa originale di San Francesco risaliva al XIII secolo. Abbattuta, venne ricostruita tra il 1632 e il 1636. Nel XVIII secolo fu ristrutturata e ampliata con l'aggiunta del transetto e la trasformazione dell'abside da quadrata a semicircolare. La facciata venne ricostruita nel 1962 in pietra rosa di Finale, con cornici e lesene in marmo di Carrara.
L’interno barocco ad una navata conserva una grande statua marmorea di San Francesco e sei altari laterali in marmo con pregevoli opere, tra le quali due tele di Domenico Fiasella, il Cristo morto del Maragliano e un trittico marmoreo di Domenico Gare. Da ammirare inoltre le “Quattordici Stazioni della Via Crucis” del Carlone e “l’Assunzione della Vergine” del fiammingo Jean Miel. In una cappella si trova la miracolosa tavola della “Madonna di Maralunga”, ritrovata nel XV secolo secondo la tradizione nella stessa baia. Il fatto venne rappresentato nel XX secolo dal pittore spezzino Luigi Agretti con affreschi sul soffitto della chiesa.