La parte del parco percorsa dal fiume Vara è forse la più autentica e meno antropizzata. Le sue acque sono delimitate da meandri rocciosi, brevi piane e zone boscose e sono ricche di fauna ittica, composta da 15 specie, di cui 13 autoctone. È anche possibile praticare sport acquatici come canoa, cayak, rafting e torrentismo.
Il Vara nasce dal monte Zatta nell'Appennino Ligure e dopo 58 Km si getta nel Magra.
Nelle sua acque sono anche presenti diverse specie di crostacei, molluschi e anfibi, come il raro ululone dal ventre giallo, il rospo smeraldino, il tritone crestato e la raganella comune.