Gli ambienti ricostrutiti all’interno dell’Orto Botanico dei Frignoli sono caratterizzati ognuno da una particolare litologia, riconducibili a formazioni che si trovano comunemente in questo tratto di Appennino: Macigno, Scaglia rossa, Gessi e nelle Alpi Apuane, i Marmi. È presente anche una tipica zona umida appenninica.