Il Parco dell'Appennino Tosco Emiliano è molto vario nella sua biodiversità. La foresta circonda il crinale appenninico fino a circa 1.700 metri d'altezza, dove cominciano le brughiere e le praterie. Sotto i 1.000 metri sono frequenti i querceti con cerro e castagneti da frutto, sopra questa quota invece, si trovano il faggio e l'abete bianco.
Le brughiere, poste tra la foresta e le praterie di alta quota, hanno preso il sopravvento con l'abbandono dei campi dedicati alla pastorizia e lo sviluppo del ginepro nano e dei mirtilli. La più diffusa è il vaccinieto, caratterizzato dal mirtillo nero, ma sono preenti anche il rododendreto, con rododendro e mirtillo rosso e la brughiera a empetro e falso mirtillo, nelle zone più fredde.
Per quanto riguarda le praterie, negli ambienti di cresta spazzati dai venti, come il Monte Prado, si sviluppa una prateria tipicamente montana dominata dal giunco delle creste. Le praterie di crinale fioriscono in primavera di anemoni narcissini, aquilegie alpine e genziane.
Tra le numerosissime piante erbacee si segnalano comunque gli anemoni, l'astro alpino, la campanula toscana, il cardo spinoso, il coltellaccio a foglia semplice, il fiordaliso alpino, il garofanino turgoncello, il garofano di bosco, la genziana primaticcia, il giglio martagone, la ginestra comune, il lino celeste, il narciso selvatico, l'orchidea macchiata, l'orchidea maggiore, l'orchidea palmata, la peonia selvatica, la primula appenninica, la primula comune, la sassifraga alpina, la scilla silvestre, il silene del Parnaso, il tricoforo alpino, il trifoglio fibrino, la vedovella delle Apuane, la viola con sperone e la viola del pensiero.