Gariga
Si tratta di una vegetazione discontinua tipica della costa del Caprione al di sopra delle scogliere, nelle aree scoscese e ad altitudini più elevate come sul monte Murlo. I piccoli cespugli si trovano sparsi sul terreno e tra le rocce. Le specie vegetali più frequenti sono il timo, la ruta e il trifoglio bituminoso.
Macchia mediterranea
Caratterizzata da piante sempreverdi, la macchia può essere alta, formata da piccoli alberi, o bassa, quando prevalgono gli arbusti. Nel caso del Caprione, si trova una macchia bassa con aspetti di gariga, dominata da terreni calcarei e da piante come il cisto bianco, l'iris nano e orchidee. Le specie piu' diffuse sono comunque il lentisco, il mirto, l'alterno, il corbezzolo e il leccio.
Pineta di pino d'Aleppo
Vista la poca frondosità del pino d'Aleppo, il sottobosco può sorprendere conpiante tipiche della macchia mediterranea e della gariga. Nell'orto botanico, la pineta è formata da pochi esemplari sopravvissuti all'incendio del 1993.
Querceto caducifoglio
Questo bosco comprende specie arboree arbustive ed erbacee ed è diffuso sui versanti settentrionali e orientali del Caprione. Nei primi sono presenti i boschi di cerro, il biancospino, l'emero, l'agrifoglio, il ligustro e il maggiociondolo; mentre nei secondi il querceto a roverella e la macchia mediterranea.