Brugnato sorse intorno all'antica abbazia benedettina fondata verso la fine del VII secolo, dopo l'arrivo nella zona dei monaci di San Colombano. L’abbazia godette del favore dei re longobardi, Liutprando, Rachis, Astolfo e Desiderio che effettuarono ripetute donazioni. Con la guerra franco-longobarda, gli abati si schierarono però con Carlo Magno, che concesse loro altri favori e terre, fino a preoccupare il vescovo di Luni, che tentò più volte di assoggettarla.
Menzionato in un diploma dell'imperatrice Adelaide nel 999, Brugnato venne elevato a sede vescovile nel 1133 dal Papa Innocenzo II. Nel 1215 Corrado Malaspina l'Antico di Mulazzo occupò territori brugnatesi e Genova intervenne lasciando poi i Fieschi in città come subfeudatari. All’inizio del XIV secolo, Brugnato fu scossa da violenti moti popolari tra guelfi e ghibellini e il vescovo dovette fuggire in territorio pontremolese. Il borgo tornò in mano dei Malaspina, questa volta del ramo di Villafranca, che alternarono il potere con i Fregoso fino alla metà del XVI secolo, finchè una nuova insurrezione popolare scacciò i Malaspina e Brugnato si diede alla Repubblica di Genova, seguendone le sorti.