Zeri ha origini antichissime, come dimostrano i ritrovamenti di tombe risalenti al VI secolo a.C. nella sua zona. La prima testimonianza scritta di Zeri, anticamente Cerri, è del 774, in un documento stipulato a Pavia da Carlo Magno. Nel 1164 l'imperatore Federico I riconobbe su Zeri i diritti di Obizzo Malaspina, al quale venne però sottratta nel XII secolo da Pontremoli, comune autonomo.
Zeri condivise con Pontremoli le proprie vicende, e l'unico episodio storico di un certo rilievo fu la fiera resistenza che oppose alle truppe napoleoniche nel 1796. La Restaurazione assegnò Zeri al granducato di Toscana e nel 1848, insieme a Pontremoli, venne ceduta al ducato di Parma. Dal 1860, anno del plebiscito, Zeri tornò a far parte della regione toscana e divenne comunità autonoma.
Durante la seconda guerra mondiale, Zeri fu teatro di numerose imprese di lotta partigiana.