Borghetto Vara nacque da una piccola mansione ospitaliera, "Burgus Sanctae Mariae Magdalenae" sulla via regia postale dalla Spezia a Genova. Il borghetto di Santa Maria Maddalena non ebbe origini molto antiche e si sviluppò probabilmente sul finire del XIII secolo. Come per gli altri comuni della Val di Vara, Borghetto vide l’alternarsi del potere degli Estensi, dei Fieschi, dei Malaspina e dei genovesi.

Nell’alto Medioevo, Borghetto dipendeva dal centro curtense ed antichissima Abbazia dell’accola, e fu filiale della Pieve di Zignago. Con la formazione dello Stato genovese, il paese fu Consolato dipendente dalla Podesteria di Brugnato, e quando queta fu eretta in sede di Capitanato dal 1607 al 1637 ne entrò a far parte.