Durante il XVI secolo, cominciava ad imporsi sulle numerose divisioni, un desiderio di unificazione. Il tentativo di creare una signoria in Lunigiana di Giovanni dalle Bande Nere andò però fallito, nonostante nel 1522 constrinse il marchese Malaspina di Aulla a cedergli il feudo. Fu invece il granduca di Toscana ad espandere i propri domini. Nel XVII secolo Firenze controllava circa metà della Lunigiana con l'acquisto di Pontremoli e dei territori circostanti. In questo secolo si sviluppò il fenomeno artistico del Barocco. A Pontremoli, l'intera città venne riprogettata. Con la seconda metà del XVIII secolo, anche in Lunigiana arrivò l'Illuminismo con Piero Leopoldo d'Asburgo. In questi stessi anni, nel 1787, Pontremoli ottenne la nomina a sede diocesana, che manterrà per duecento anni, oltre al riconoscimento di città.

Gli anni della Rivoluzione Francese e di Napoleone provocarono anche in Lunigiana la fine del feudalesimo. Le zone in passato divise in feudi vennero inglobate nella Repubblica Cisalpina e poi nel Regno Italico, mentre la parte già del granducato di Toscana entrò a far parte del Regno d'Etruria. Con la sconfitta di Napoleone e la Restaurazione del 1815, il Congresso di Vienna sancì che gli ex feudi imperiali passassero sotto il dominio estense di Francesco IV, duca di Modena: ne fecero parte i territori di Aulla, Licciana, Mulazzo, Podenzana, Tresana, Villafranca e Treschietto. Anche il granducato di Toscana riacquistò i suoi territori, Fivizzano, Pontremoli, Codiponte, Bagnone, Casola e Albiano.

Con il trattato di Firenze del 1844, che chiudeva definitivamente il periodo napoleonico, si parlava di tre Lunigiane. Una Lunigiana assegnata al ducato di Parma, con Pontremoli e Bagnone, una Lunigiana assegnata al ducato di Modena, con Fivizzano, Aulla, Licciana, Massa e Carrara, una Lunigiana assegnata al Regno di Sardegna, con Sarzana, La Spezia e la Val di Vara. Come risultato della prima guerra di Indipendenza, lo Stato piemontese arrivò fino alla bassa Lunigiana. L’unità avverrà solo dopo la seconda guerra di Indipendenza quando, nel 1859, la Lunigiana proclamò la sua annessione al Regno di Sardegna. Con l'Unità d'Italia la Lunigiana entrò a far parte della provincia di Massa Carrara, con scarso rispetto delle caratteristiche e degli ambiti regionali. Il dittatore di Modena Farini spaccava in due il territorio della Lunigiana storica, creando appunto la provincia di Massa e Carrara con la val di Magra e la Garfagnana, mentre La Spezia e la Val di Vara venivano assegnate alla provincia di Genova.