Il borgo di Malgrate venne edificato in due epoche distinte. Nella prima, all’inizio del XIV secolo, venne costruito il castello da Nicolò Malaspina con la torre alta 25 metri, la parte ovest con la casa del Da Faje e i due accessi. Nella seconda, nel XVI secolo, venne costruita la porta principale ad est e la casa di Pistofilo oltre alle abitazioni del borgo erette addosso alle mura trecentesche della rocca. Nei secoli successivi, in particolare nel XVI, Malgrate mutò il suo aspetto di esemplare borgo fortificato, per assumere quello di elegante residenza signorile, pur conservando l’impronta del suo carattere originario di architettura militare.
Il feudo di Malgrate venne costituito nel 1351 comprendente i borghi di Filetto, Orturano, Irola, e Mocrone. Bernabò Malaspina, figlio di Nicolò, fu il primo marchese. Nel 1469 e nel 1490 il feudo venne sconvolto da rivolte popolari contro l’esosità dei Malaspina sobillate da Firenze. Nel 1610 Cesare II l'ultimo marchese Malaspina di Malgrate, cedette il feudo alla Camera Ducale di Milano che nel 1641 lo diede alla famiglia Ariberti di Cremona. In questo periodo, venne costruita la chiesa di San Lorenzo. Nel 1671 venne meno il Marchese G. Battista Ariberti ed un nipote, il Conte Anton Camillo Stanga, aproffitando della giovane età del figlio del Marchese e della reggenza della moglie si impossessò del feudo. Nel 1745 Malgrate venne ereditato per via femminile dalla famiglia Freganeschi che ne rimase proprietaria fino al 1836.