Probabilmente la piccola chiesa di San Pietro, posta sul promontorio verso l’isola Palmaria, venne eretta su un antico tempio preesistente dedicato a Venere Ericina e su una pieve paleocristiana successiva. Nel 1256, Portovenere aiutò Genova nella conquista di Lerici contro Pisa e come ringraziamento i genovesi decisero di costruire la chiesa. In stile gotico-genovese, venne terminata nel 1277. L’edificio è strutturato in due parti: una con campanile a bifore e decorazione a pietre alterne bianche e nere e l’altra con pianta rettangolare e abside semicircolare. I sue spazi sono uniti da due archi a tutto sesto.
All’interno, la chiesa presenta una volta con tetto in legno e il presbiterio diviso in tre cappelle, coperto da volte ad ogiva e a crociera.